המשרד נותן מענה כולל לבעל הנחלה למקסום הפקת התועלת ממנה. כן, המשרד מציע ניהול משפטי מקיף  וכולל מול כל גופי ורשויות המדינה בגין שימושים והקמת מבנים שלא כדין.
פירוט:
ההליכים המשפטיים הננקטים על ידי הרשויות השונות בגין השימוש הלא חקלאי המבוצע בנחלה הינם על ידי הוועדות השונות (מקומית, מחוזית, היחידה הארצית). אכיפה אשר מבוצעת על ידי הועדה הינה בגין הפרת הוראות חוק התכנון והבניה–התשכ"ה,1965 ומשכך, נושאת היא אופי פלילי.
מאידך גיסא, היות שהקרקעות המושביות מנוהלות ע"י רשות מקרקעי ישראל באמצעות חוזים שונים. הפרת הסכמים אלו, גוררת נקיטה בהליכים אזרחיים ע"י הרשות לאכיפת אותם ההסכמים ובמצבי קיצון, לביטולם.
בעניין ההליכים הפליליים הננקטים ע"י הוועדות: בניה בקרקע או שימוש שלא בהתאם להיתר או תוך סטייה מתנאי ההיתר נחשף בעל הנחלה או המשתמש להגשת כתב אישום בהתאם לפרק י' לחוק התכנון והבניה–התשכ"ה 1965 בגין מעשה זה.
 קיימות מספר דרכים להתמודד עם ההליך הפלילי אשר בדרך:

מניעת הליך פלילי– מו"מ לסגירת תיק פיקוח מקום בו השימושים הלא חוקיים הופסקו טרם הגשת כתב האישום. טענת הגנה מן הצדק מקום בו עולה כי נקיטה בהליכים פליליים כנגד המתיישב נגועה באי שוויוניות ובאכיפה סלקטיבית. הגשת בקשות להסדר מותנה בהתאם להנחיה 4.3042 להנחיות היועץ המשפטי לממשלה.

מקום בו הוגש כתב אישום –

הגשת בקשות לעיכוב הליכים בהתאם לקריטריונים המפורטים בהנחיה מספר 4.3032 להנחיות היועץ המשפטי לממשלה. עיכוב הליכים יתאפשר במקום בו העבירה ניתנת להכשרה בצירוף, נסיבות אישיות או נסיבות מקילות של העבירה. עיכוב הליכים יתכן אף במקרים בהם לא ניתן להכשיר את העבירה מקום בו קיימות נסיבות כבדות משקל המצדיקות עיכוב זה.

ניהול ההליך הפלילי, איזון בין רכיבי הענישה בהתאם לנסיבותיו האישיות של הנאשם ואופי העבירה. בקשות למתן ארכה לכניסת צו הריסה/ צו הפסקת שימוש לתוקף. מקום בו הקנס לא משולם כנדרש, אזי ניתן לפנות למרכז הארצי לגביית קנסות להסדרת תנאי התשלום ולהפחתת תוספת פיגורים וריביות. ערעור על גזרי דין מקום בו הושת קנס כספי גבוה או קיים צורך באורכה טרם כניסת הצווים השיפוטיים לתוקף.

טיפול בקנסות מנהליים– מניעת השתת הקנס, ברירת משפט והפחתת הסכומים הקבועים.